第2次大戦前のわが国では、食料問題や失業問題を背景として過剰人口への関心が高まると同時に、人的資源の確保という観点からも人口問題が注目を集め、昭和14年（1939年）8月、人口問題研究所が設立されました。人口問題にかかわる国立の研究所としては世界最初のものです。戦後は、経済成長が進むにつれて、出生率の低下・人口の高齢化が進行し、それに伴う制度・政策の重要性が認識されるようになりました。

わが国の社会保障制度は、昭和30年代の半ばに医療と年金の国民皆保険制度を確立し、着実に発展してきましたが、社会保障を基礎的・総合的に研究する体制は未整備にとどまっていたことから、社会保障制度審議会の勧告に基づいて、昭和40年（1965年）1月、社会保障研究所が設立されました。

継続する少子・高齢化や経済成長の鈍化により、人口と社会保障との関連は以前に比べて密接となり、両者の相互関係を総合的に解明することが必要となってきたこと、また時代に応じた厚生科学研究の体制を整備するため、厚生省試験研究機関の再編成を検討すると同時に、特殊法人の整理合理化という社会的要請を受けて、平成8年（1996年）12月、厚生省人口問題研究所と特殊法人社会保障研究所との統合により、国立社会保障・人口問題研究所が設立されました。

2014年8月には人口問題研究所創設75周年を、2015年1月には社会保障研究所創設50周年を、そして2016年12月には国立社会保障・人口問題研究所創立20周年を迎えました。